El panel de herramientas contienen iconos que muestran los elementos gráficos principales de una red de Petri: los lugares se representan con un círculo, las transiciones con un rectángulo, los arcos con una línea con una cabeza de flecha y los tokens con puntos. Además, el panel de herramientas proporcina un icono con la imagen del cursor que representa la opción de selección.
Para agregar un lugar a una red de Petri, basta con seleccionar el botón con el icono Place en el panel de herramientas (Tools), y después presionar el botón del ratón sobre el área de trabajo de la ventana de la red de Petri donde se desea colocar al lugar.
Si desea agregar tokens a los lugares se debe seleccionar el icono Tokens del panel de herramientas y después presionar el botón del ratón sobre un lugar en la red de Petri tantas veces como tokens se deseé colocar. Si se presiona el botón del ratón sobre otro elemento de la red de Petri, no habrá ningún cambio en la red.
Si el usuario desea agregar una transición deberá seleccionar el botón con el icono Transition en el panel de herramientas y después apretar el botón en el área de trabajo de la red de Petri donde se desea colocar la transición.
Para agregar un arco se debe tener en consideración que las redes de Petri no permiten conexiones entre lugares, ni entre transiciones, es decir, únicamente se pueden conectar lugares con transiciones y transiciones con lugares. Para crear un arco se selecciona el icono Arco del panel de herramientas y se presiona el botón del ratón sobre algún lugar o transición de la red de Petri --si se presiona el botón del ratón sobre alguna otra área del documento no se produce ningún cambio en la red de Petri--. Después de presionar el botón del ratón sobre alguno de los elementos válidos se arrastra el ratón (con el botón presionado) hasta el lugar o transición destino --si se detecta que el origen y el destino son de la misma clase (lugar o transición) o si no existe destino, entonces se elimina el arco--.
PetrA maneja redes de Petri puras, es decir, redes de Petri que no tienen auto ciclos --arcos que conectan a un lugar A desde una transición B y a la transición B desde un lugar A, como se aprecia en la figura 2.5. Si se desea utilizar autociclos es conveninente cambiar a ciclos, como se puede muestra en la misma figura 2.5. Por default el peso de los arcos es uno. Si se desea cambiar el peso de los arcos se puede redibujar el arco tantas veces como el peso de arco se deseé. Si se desea dismunuir el peso del arco se puede dibujar un arco en sentido inverso, esta operación decrementa en uno el peso del arco. Si se traza un arco en sentido inverso y el valor del arco es uno, entonces se elimina el arco (ya que se crementa el peso a cero, lo que equivale a no tener ningún arco).
Si se desea cambiar de posición alguno de los elementos gráficos, entonces se elige el icono Cursor en el panel de herramientas, y se presiona el botón del ratón sobre el objeto que se desea mover (lugar o transición), después se arrastra el cursor (sin dejar de presionar el botón del ratón) hasta la posición deseada. Una vez que se ha llegado a la nueva posición se suelta el botón del ratón. Los arcos conectados al objeto que se mueve se redibujan con el arrastre del ratón.
El icono Cursor representa selección --de hecho, el movimiento de un objeto se realiza con un objeto seleccionado--. Cuando se selecciona un objeto, ésta cambia su color de acuerdo con el definido en el panel de preferencias, originalmente es gris. Al seleccionar un objeto se pueden cambiar sus atributos principales con ayuda del panel Inspector.