Muchos programas que no son escritos para sistemas multitareas accesan a los puertos directamente, esto ocasiona problemas en ambientes multitareas. Si más de un programa accesa un puerto, pueden ocasionar interferencia unos con otros. Muchos sistemas multitareas requieren programas de aplicación a través del sistema operativo para accesar a los puertos E/S. El resultado es un control centralizado y simplificado.
El i486 proporciona protecciones de E/S creando el sistema de E/S compatible con el ambiente del procesador que se utilice, y es transparente con los programas 8086. Se pueden tener diferentes posibilidades para proteger los puertos de E/S.
El método para controlar el acceso a los puertos de E/S depende de si los puertos de E/S son accesados directamente o si son mapeados en memoria.