Como ya se ha mencionado, varios recursos que ocupa una MV, se canalizan a través de los recursos del sistema operativo anfitrión. En el caso del sistema de archivos se debe considerar que no existe compatibilidad entre los sistemas de archivos de MS-DOS y UNIX. Ya que existen diferencias técnicas substanciales, como el hecho de que el sistema de archivos de MS-DOS fue diseñado a trabajar con un sólo usuario --por consiguiente, no tiene implantado un esquema de seguridad-- y el UFS trabaja a partir de i-nodos, y el sistema de archivos de MS-DOS trabajar con tablas FAT.
NeXTSTEP reconoce y maneja dispositivos de almacenamiento (discos duros, particiones y discos flexibles) que tengan el formato del sistema de archivos de DOS.
Sin embargo, no es necesario tener algún dispositivo de almacenamiento con este sistema de archivos para que se ejecute el emulador. La estrategia que se sigue ([14,9,23]) es generar el mapa de un disco con formato DOS en un archivo ordinario de Mach.
La aplicación debe llevar un control del disco que se esta simulando a partir de un archivo Mach (disco principal, y el que contenga al directorio raíz), y de los dispositivos de almacenamiento con formato MS-DOS que maneja NeXTSTEP. Para accesar estos dispositivos bastará con hacer los llamados respectivos a NeXTSTEP. Y en caso de ser al archivo, se deberá ejecutar al simulador del dispositivo que se deberá implantar como un módulo de la aplicación.