Primero se debe definir la estructura básica para trabajar con cualquier tipo de res de Petri. La idea obvia es tener una red de Petri clásica, debido a que las redes de Petri de alto nivel se han desarrollado a partir de extensiones a las redes de Petri clásicas, resultando que las redes de bajo nivel resultan ser un caso especial de las redes de Petri de alto nivel. Las redes de Petri con tiempo con retardo 0 en su valor tiempo se comportan como una red lugar/transición. También se obtiene el comportamiento de una red clásica, si se considera un solo nivel en las redes de Petri jerárquicas. Y finalmente, si en las redes de Petri coloreadas, se utiliza un sólo color de token y las funciones de los arcos sólo pasan el token sin hacerle ninguna modificación, se obtiene el comportamiento de una red clásica.
Evidentemente existen diferencias, que se reflejan en las propiedades y métodos de análisis, entre las redes de bajo y alto nivel, sin embargo se pueden establecer equivalencias entre ambos tipos de redes [28]. Por esta razón, las características de comportamiento y modelación no chocan entre los diferentes tipos de redes.
Toda la información de una red de Petri puede almacenarse en una matriz de incidencia. Las redes de Petri coloreadas y estocásticas no tienen problema con esta representación. No hay problemas para trabajar con el esquema de matriz de incidencia, debido a que en [20] se prueba que se puede tartar a las subredes como transiciones ya que la mejor manejar de comunicar a las subredes con los elementos de la red, es a través de lugares (pero esto debe aplicarse con cuidado en los mecanismos de análisis).
Además, los nodos transición pueden tener asociado un hilo de control para simular la ejecución de la red. Con este hilo asociado a la transición se pueden manejar los retardos en la ejecución de un disparo para simular el tiempo asociado a los distintos elementos de la red de Petri: lugar, transición y arco [4].
Los nodos lugar pueden manejar listas con el número de nodos de colores con los que está marcada. Esto no representa problemas para trabajar con las redes de Petri clásicas, jerárquicas y con tiempo, ya que únicamente trabajan con un tipo de token. Además, los arcos pueden tener asociado un lenguaje que se utilice como macro, y la transición se encarge de leerlo y ejecutarlo cuando se dispare. En este punto se puede pensar en un lenguaje como REC para que se utilice como lenguaje de modelación [29].
La gran diferencia entre los distintos tipos de redes son los métodos de análisis. Sin embargo este problema se puede solucionar si se establece un modelo orientado a objetos y utiliza el esquema de delegado para que la red de Petri pueda cambiar, en momento de ejecución, el comportamiento de una acción de análisis (dependiendo del tipo de red que se trabaje).