Las extensiones a partir de jerarquías aparecieron como extensiones a las redes de Petri coloreadas [27,28]. Sin embargo, se han desarrollado tipos de redes de Petri jerárquicas que no son coloreadas [6,9,13,19].
El problema principal de este tipo de redes es la manera en como trabajarlas. Se han realizado estudios de comportamiento y análisis de transformaciones de una subred en una transición y transformaciones de una subred un lugar, para determinar su equivalencia de comportamiento y análisis con una red que no es jerárquica [27,28]. Se han intentado implantar otros mecanismos, como en [9], de agrupamiento que incluyen un nuevo elemento gráfico (la subred) con la finalidad de que la semántica de los grafos se mantenga, sin emgargo, en este tipo de agrupamiento no aclara si se mantiene la equivalencia entre la red de Petri jerárquicon las redes de Petri clásicas, lo que puede generar problemas de análisis. Para solucionar este problema se han propuesto varias ideas como trabajar a las redes de Petri en un esquema cliente-servidor[19], donde las subredes se comunican entre sí,a través de un grafo lugar. Otros trabajos han demostrado que es más fácil, establecer esta comunicacón con la subred, a través de lugares y tratarla, con sus debidas restricciones, como una transformación de la subred a transición [20]. De esta forma, los elementos en la subred que se comunican con el exterior son transiciones, y los elementos de la red que se comunican con las subredes son lugares.